Logo de cara é fácil falar que cada cor tem um fitoquímico (ex: betacaroteno) com uma função diferente, mas uma em comum: antioxidantes!

Além disso em comum as quantidades de fósforo e vitaminas do complexo B variam bem pouco. Já em relação a vitamina C o pimentão amarelo é o campeão seguido do vermelho.

Quando falamos de potássio o amarelo e o vermelho (nessa o verde perde) tem quantidades e de cálcio o que mais se aproximam são o verde e o amarelo (nessa o vermelho perde).

As calorias são praticamente iguais, assim como a quantidade de proteínas e carboidratos (um pouquinho só maior no amarelo). Já as fibras alimentares são mais presentes no verde.

Já na cozinha quente o uso é bem diversificado e normalmente combinam-se nas receitas. Agora cru para salada eu, particularmente, prefiro o amarelo.